♦ Ensemble constitué par la biosphère, les zones parabiosphériques, la haute atmosphère et la lithosphère.
♦ Équivalent étranger : Ecosphere.

♦ Selon la convention sur la diversité biologique : « Complexe dynamique formé de communautés de plantes, d'animaux et de microorganismes et de leur environnement non vivant qui, par leurs interactions, forment une unité fonctionnelle ».
Un écosystème correspond à l'ensemble des populations (individus de différentes espèces) vivant sur une aire géographique délimitée qui contient les ressources nécessaires à leur survie et à leur pérennité. Il inclut également les composants physiques de l'environnement avec lesquels les organismes interagissent, tels que l'air, le sol, l'eau ou le soleil. Un flux de matières et d'énergie relie les différents constituants de l'écosystème grâce à la naissance et à la mort des individus. L'ensemble des organismes habitant un écosystème particulier est appelé communauté ou biocénose. Un écosystème est donc composé d'un biotope et d'une biocénose.

> Les limites d'un écosystème sont définies par les interactions dynamiques, parfois appelées processus écosystémiques, parmi les composantes d'un écosystème (végétaux, faune, climat, paysage et activités humaines). Les limites d'un écosystème sont indépendantes de l'échelle ou de la localisation des processus écosystémiques qui se produisent à une multitude d'échelles.
La notion d'écosystème peut s'appliquer à des portions de dimensions variables de la biosphère comme un lac, une prairie, ou un arbre mort…

Tout comme la diversité biologique est la somme de la variabilité au sein des espèces (génétique), entre les espèces et entre les écosystèmes, on peut considérer comme élément structurel clé des fonctions d'un écosystème la capacité des processus et composantes de l'écosystème naturel ou non, à fournir des biens et services qui satisfont directement ou non les besoins humains. Ces fonctions sont globalement regroupées en quatre catégories, la régulation, l'habitat, la production et l'information. Les fonctions d'un écosystème peuvent être vues comme étant le résultat observable des processus écosystémiques et de la structure de l'écosystème. Dans le groupe de fonctions écosystémiques, un ensemble de services écosystémiques ayant des avantages visibles pour les sociétés humaines peut être identifié.

> L’écosystème est donc l’ensemble des liens fonctionnels entre les éléments naturels inertes et vivants. Ces relations se produisent sous la forme de chaîne ou de cycle.
  - La première catégorie est celle des chaînes trophiques : les substances physiques ou organiques alimentent les végétaux qui alimentent les animaux herbivores qui alimentent les animaux carnivores ; les micro-organismes décomposeurs intervenant à tous les maillons.
  - La seconde catégorie est l’expression de ces chaînes en termes d’énergie : les végétaux sont transformateurs et accumulateurs d’énergie, d’origine solaire notamment, et les animaux sont consommateurs (et transformateurs) d’énergie.
La typologie des écosystèmes est fondée sur la mesure des flux et des transferts d’énergie à chaque niveau.
Les écosystèmes naturels sont plus ou moins stables et équilibrés. Mais il y a peu d’écosystèmes fermés, sans rapport avec l’écosystème voisin. C’est surtout l’apparition d’une action humaine finalisée qui est responsable d’écosystèmes à productivité très variable, à bilan énergétique positif ou négatif.
Le botaniste russe V. Soukatchov créa le terme de biogéocénose comme presque synonyme d’écosystème.

♦ Équivalent étranger : Ecosystem.

♦ Écosystème analogue dans le monde réel ou écosystème hypothétique qui définit un état futur idéal d'une aire de terre ou d'eau à la suite d'un projet de restauration écologique.
Il sert donc de modèle pour la planification d'un projet de restauration et ensuite pour son évaluation. Dans sa forme la plus simple, la référence est un site réel ou sa description écrite ou les deux. La limite est qu'il représente un seul état ou une seule expression des attributs d'un écosystème. La référence retenue peut donc n'être qu'une option, parmi différents états potentiels, qui se place dans la gamme de variations de cet écosystème. La référence reflète une combinaison particulière d'événements stochastiques qui se produisent pendant le développement de l'écosystème.
♦ Équivalent étranger : Reference ecosystem.

♦ Écosystème qui n'a pas été sensiblement modifié par l'homme.
♦ Équivalent étranger : Natural ecosystem.

♦ Écosystème qui a été modifié par l'action de l'homme mais qui conserve de nombreux éléments naturels.
♦ Équivalent étranger : Semi-natural ecosystem.

♦ Écosystème qui possède une biocénose adaptée à un biotope dominé par le minéral qui a pour conséquence une faible présence des producteurs primaires et donc de leur biomasse et de leur diversité. L’espèce humaine y joue le rôle d’espèce clé de voûte ou espèce ingénieur car elle structure l’écosystème. Les sols sont des anthroposols ou des technosols, mais d’autres sols sont possibles également dans les parcs et jardins, comme des sols agricoles et de la terre arable, vestiges la période d’avant l’urbanisation du site.
L’espèce humaine y joue le rôle d’espèce clé de voute ou espèce ingénieur qui contribue à structurer l’écosystème.
La vie est permise par des flux entrants d’énergie et de matière provenant d’autres écosystèmes. Cette déconnexion spatiale des étapes de production primaire, de consommation et de recyclage engendre des déficits (d’énergie, d’aliments…) et des excédents (de déchets biodégradables ou non) qui ne peuvent se compenser. Il s’agit donc d’un écosystème mais un écosystème très ouvert, entièrement tributaire de l’extérieur pour toutes ses consommations d’énergie et de matière, et donc à la fois très fragile et fragilisateur de la biosphère dans son ensemble.

L’écosystème urbain se différentie d’autres écosystèmes par :

•  Une grande part de milieu très minéral et imperméabilisé (parkings, voies, bâtiments) fragmenté par de nombreuses barrières physiques (murs, bâtiments, clôtures, voies bitumées
  ou d’eau souvent avec des pentes abruptes…) ;
• Un îlot de chaleur urbain (ICU) : des villes plus chaudes, avec une amplitude plus marquée en hiver (fonction des activités humaines et de l’aménagement mis en place) / albédo, topographie, microclimats (la ville absorbe les calories - effet capteurs solaires, effet serre, diminution rosée mais augmentation des précipitations) ;
• Des villes plus sèches (hors inondations, ruissellement selon les épisodes météorologiques et de la gestion des écoulements), en fonction du pourcentage et de la qualité (rugosité, albédo) des surfaces imperméabilisées, de la densité et des gabarits des canalisations (gestion du stockage de l’eau) ;
• L’éclairage public qui allonge la photopériode pour un bon nombre d'êtres vivants (feuillaison, nichées plus précoces, etc.), également rythme biologique de l’Humain ;
• Air, sol et eau pollués à des degrés divers selon la configuration urbaine et la gestion (v. gestion différenciée des espaces verts) - le sol est généralement très enrichi en azote, les eaux plus eutrophes (entre autres).

> La biocénose est tellement modifiée qu’il s’agit à présent d’une anthropocénose. À la différence des écosystèmes naturels, les écosystèmes urbains :

• sont hétérotrophes,
• sont fortement dépendants des apports externes,
• sont incapables de recycler leurs déchets efficacement,
• ont des systèmes de contrôle social et politique,
• sont sous le contrôle majoritaire d’une seule espèce, l'Humains.

> Une part des zones périphériques, composées de maisons individuelles entourées de petits jardins, conserve une faune et une flore sauvage relictuelle, et attire aussi différentes espèces généralement opportunistes en raison de la nourriture abondante. Il s'agit donc d'un écosystème ouvert dans lequel les flux, loin de circuler en circuit fermé, proviennent de loin. Cet état de fait assure une complémentarité qui ne peut être vue à travers le prisme simpliste de la pureté campagnarde par rapport aux nuisances urbaines. En effet, grâce à ce système ouvert, la ville puise ses matières premières et énergétiques à l'extérieur et rejette vers la périphérie tous les déchets, tous les résidus de la vie urbaine. Il est évident que ce schéma réducteur ne peut pas perdurer puisque la ville puisera alors les éléments pollués et rejetés par la ville. Ainsi s'est-on aperçu récemment que la pollution des rivières et des nappes nuit à l'alimentation en eau des villes. C'est pourquoi l'assainissement qui se contente de concentrer les eaux usées pour les rejeter dans le milieu naturel a montré ses limites s'il n'aboutit pas à une station d'épuration performante.
Une ville européenne d'un million d'habitants consomme quotidiennement 111 500 t de pétrole, 320 000 t d'eau, émet quotidiennement 1 500 t de substances toxiques, 300 000 t d'eaux usées et produit 1 500 t de déchets solides.

♦ Équivalent étranger : Urban ecosystem.

♦ Regroupent les écosystèmes côtiers, marins et d'eau douce et correspondent à des écosystèmes particulièrement importants pour la biodiversité.

• Les écosystèmes d'eau douce ne représentent qu'une infime partie de la surface du globe mais ils contiennent un pourcentage très élevé de la biodiversité. Ils sont, localement, d'une très grande importance pour les populations humaines, et généralement pour les plus pauvres d'entre elles. Les écosystèmes d'eau douce constituent une ressource très fortement exploitée par une large gamme d'usages, dont beaucoup ont un impact important sur la biodiversité. On peut citer, parmi les principales, la surexploitation des ressources et le développement des espèces invasives et on peut donc considérer ces écosystèmes comme globalement menacés.
• Les écosystèmes marins couvrent plus de 70 % de la surface du globe mais, proportionnellement, ils présentent une diversité moindre que les écosystèmes terrestres. Les pêches marines fournissent une source très importante de protéines pour les humains, mais les espèces pêchées souffrent pratiquement toutes de la surexploitation et d'une pollution de plus en plus importante, que ce soit en macro ou en microdéchets.
• Les écosystèmes côtiers et les mers intérieures souffrent de la pollution de la dégradation des habitats en raison d'une pression démographique sur les côtes qui ne fait qu'augmenter.

> Gérer ces écosystèmes peut s'avérer particulièrement complexe en raison du fait qu'ils ne peuvent être considérés isolément. Ils sont en effet la plupart du temps partagés entre différents pays et l'impact d'une pollution peut provenir d'une source étrangère, ce qui nécessite donc une gestion internationale que seules les conventions internationales permettent de prendre en compte. Des programmes de travail sont à cet égard développés au sein de la convention pour la diversité biologique pour les eaux continentales d'une part et les eaux marines et côtièresd'autre part.

♦ Équivalent étranger : Water ecosystems.

♦ Bien que non caractérisés par une richesse spécifique élevée, ces écosystèmes renferment des espèces de haute valeur patrimoniale et présentent des problèmes de gestion très particuliers compte tenu du contexte. Ils sont localement très importants pour certaines populations humaines, notamment pour l'élevage, les productions de plantes médicinales et d'autres produits de forte valeur commerciale. Ils sont menacés par la conversion des terres pour d'autres usages, particulièrement par l'irrigation, par la désertification, par les pompages d'eau en sous-sol, par des régimes de feux non appropriés et par le surpâturage.
L'évaluation des pressions et le suivi du statut de la biodiversité sont compliqués en raison des faibles densités des populations animales et du caractère nomade de la faune et des humains dans ces écosystèmes.
♦ Équivalent étranger : Arid ecosystems.

♦ Ensemble en relation permanente ou temporaire avec le milieu courant par des connexions soit superficielles soit souterraines : îles, bras morts, prairies inondables, forêts inondables, ripisylves, sources et rivières phréatiques.
♦ Équivalent étranger : Associated ecosystems.

♦ Écosystèmes situés à l’interface terre-océan. Ils comprennent différents habitats : la frange marine (jusqu’à 12 miles des côtes), la zone périodiquement recouverte par les marées ou estran, les estuaires, les dunes et marais littoraux, les lagons, les récifs coralliens, les herbiers marins, les mangroves… Les interactions entre ces différents habitats sont nombreuses, chacun ayant ses propres espèces caractéristiques. Ce sont donc des milieux hautement dynamiques et biodivers. Ils offrent de nombreux services écosystémiques (épuration des eaux, reproduction d’espèces, zones refuge, pêche et aquaculture, tourisme, économie, …). En contrepartie, ils sont soumis à de fortes pressions anthropiques.

> L’écosystème littoral est un ensemble géographiquement plus restreint que l’écosystème côtier. Cependant sa définition est variable selon les approches envisagées. En écologie, il correspond à la zone de transition entre la mer et la terre.

♦ Équivalent étranger : Coastal ecosystems.

♦ Écosystèmes caractérisés par l'extrême porosité de leurs sols qui empêche l'accumulation d'eau et nécessite de la part des végétaux le développement d'un système racinaire important soit en pivot, soit en ramification afin de récupérer autant d'eau que possible. Outre l'adaptation de ces végétaux, il faut noter que cette caractéristique permet de fixer le sable des dunes mobiles (dites également blanches) vers un stade partiellement végétalisé (dunes grises).
♦ Équivalent étranger : Dune ecosystems.

♦ Écosystèmes devenant différents, par la composition et l'abondance relative des espèces, de ce qu'ils étaient auparavant en raison de changements en cours et souvent non prévisibles, causés par des forces et impacts naturels, sociaux, économiques et culturels. Ces écosystèmes sont le résultat d'actions humaines délibérées ou accidentelles mais ne dépendent pas de l'intervention continue des humains pour leur maintien.
♦ Équivalent étranger : Emergent ecosystems.

♦ Des écosystèmes sont considérés comme en bonne santé quand les interactions entre les différentes espèces animales et végétales sont en équilibre dans le biotope. Des écosystèmes en bonne santé réduisent leur vulnérabilité aux risques tout en agissant comme des tampons physiques pour réduire les conséquences de ces risques. Ainsi les infrastructures naturelles sont souvent efficaces pour réduire les impacts d'événements imprévus et sont généralement moins coûteuses que des infrastructures construites par l'Homme. Les catastrophes entravent les buts de développement et cependant peu de gouvernements ou d'organisations de développement adoptent une démarche précautionneuse dans la définition et la gestion de projets, et peu reconnaissent le rôle et la valeur de la gestion des écosystème pour la réduction des risques de catastrophes. Le bien-être humain dépend des écosystèmes qui permettent également aux personnes de supporter, faire face et récupérer de catastrophes. Les populations les plus pauvres sont généralement celles qui sont les plus sensibles aux catastrophes et ce fait est exacerbé là où les écosystèmes sont fortement dégradés.
Les écosystèmes diversifiés et en bonne santé sont plus résilients aux événements météorologiques extrêmes. À l'inverse, des écosystèmes dégradés sont plus susceptibles d'être endommagés par des événements météorologiques extrêmes et sont également moins capables de séquestrer du carbone, ce qui augmente encore leur vulnérabilité.
♦ Équivalent étranger : Healthy ecosystems.

♦ Réservoirs importants de la biodiversité à ses trois niveaux (écosystèmes, espèces, gènes) et qui contiennent plus de la moitié de toutes les espèces. Ils abritent de grandes populations indigènes et fournissent du bois d'oeuvre, du combustible, des plantes médicinales et d'autres produits utilisés couramment par la civilisation moderne. Ils sont des réservoirs importants de carbone et jouent un rôle fondamental dans le cycle du carbone et donc dans le problème du changement climatique. Les forêts naturelles sont soumises à la pression liée à leur conversion afin de satisfaire aux besoins des populations humaines et plus de la moitié de la forêt primitive a été perdue ou est dégradée. Cette nature complexe et la grande biodiversité militent pour la mise en place d'un suivi très fort.
De nombreux taxa sont encore inconnus du monde scientifique et globalement, les espèces connues souffrent d'un déficit de connaissances en raison, souvent, de problèmes logistiques dans les forêts tropicales et bien des incertitudes demeurent sur le fonctionnement de ces milieux.
♦ Équivalent étranger : Forest ecosystems.

♦ Écosystèmes limniques dans lesquels le renouvellement de l'eau est très lent (lacs, étangs, marais).
♦ Équivalent étranger : Lentic ecosystems.