♦ Ensemble des fonctions écologiques permettant d'assurer la pérennité d'un écosystème, c'est-à-dire les flux de matière, la qualité de l'eau et des sols, le stockage de carbone. La fonctionnalité écologique permet de préciser si les habitats d'un site sont suffisamment présents et en bonne condition pour permettre d'assurer tout ou partie du cycle biologique des espèces.
Au niveau d'un habitat, elle peut être évaluée en fonction du nombre et de la qualité des micro-habitats présents, de la capacité d'y accueillir des espèces de valeur patrimoniale, de l'artificialisation des terrains et de la cohérence avec la matrice des paysages. Au niveau des paysages, la fonctionnalité écologique peut être évaluée en fonction de la participation de ce paysage à un réseau écologique.
Pour les espèces, la fonctionnalité du site renseigne sur le caractère déterminant de l’aire protégée pour la réalisation de leur cycle de vie (zone de reproduction, de migration, d’hivernage, d’alimentation, de nourricerie, de reposoir à marée haute, de tranquillité, site de ponte, frayère…).
Pour les habitats, le critère renseigne sur les fonctions remplies par l'habitat à l'échelle du site et à une échelle plus large (ex : production primaire, habitats interconnectés, réservoirs de biodiversité / corridors écologiques, zone de refuge, fleuve à dynamique encore active.
♦ Équivalent étranger : Functionality.