Écologie

« Utiliser le bon mot, la bonne notion, le bon concept, avec la définition la plus couramment acceptée, ou mieux avec la définition la mieux acceptée et comprise relève parfois de l’exploit, … »
                                                     
 Patrick Triplet.

> Par cette citation, je souhaite rendre un vibrant hommage au travail de Titan réalisé sur plus de dix ans par ce biologiste, docteur en écologie dont l’ouvrage "Dictionnaire encyclopédique de la diversité biologique et de la conservation de la nature" constitue la source de très nombreuses définitions présentes dans ce glossaire. Utiliser un langage dont les mots recouvrent des concepts clairement définis permet à chacun d’aborder et de comprendre des domaines qui ne sont pas forcément de sa compétence.

> Ce glossaire qui regroupe plus de 6 000 définitions accompagnées de leur traduction anglaise est là pour vous y aider. Il couvre les domaines complémentaires que sont la Géographie, l’Écologie et l’Économie, sans oublier de faire un petit détour par la Finance qui régit dans l’ombre une bonne part de notre existence.

> Par lui-même, de définition en définition, ce glossaire vous invite à explorer l’univers riche de la conservation des milieux naturels, d’en comprendre les mécanismes et les enjeux.

À toutes et tous, nous souhaitons : “Excellente lecture et bon voyage”.

Méthode d’identification des espèces indicatrices

Rechercher par terme du glossaire

Glossaires

Terme Définition
Méthode d’identification des espèces indicatrices

♦ Méthode est de plus en plus utilisée dans les études phytosociologiques en lieu et place de Twinspan pour la détermination des espèces caractéristiques. Dans les deux méthodes, la qualité de classement des groupements joue un grand rôle dans l’identification des espèces caractéristiques ou indicatrices.

> La méthode d’identification des espèces indicatrices (IndVal) autorise l’introduction de n’importe quelle typologie établie sur la base d’une plus grande diversité de méthodes. En outre, elle a l’avantage de combiner à la fois la fréquence et l’abondance ou le recouvrement pour évaluer le caractère indicateur des espèces. Elle repose sur la même approche : on utilise une classification des relevés pour identifier les espèces qui en sont indicatrices. Elle est simple et assigne en un calcul une valeur indicatrice à chaque espèce par rapport à chaque communauté végétale définie dans une typologie (groupes de relevés identifiés) préalablement obtenue à l’aide de méthodes d’ordination et de classification évoquées plus haut.

> Une espèce est considérée comme indicatrice d’un groupe de relevés donnés si elle lui est fidèle c’est-à-dire typique (= absente ou relativement moins fréquente dans les autres groupes de relevés) et si elle est présente dans tous les relevés de ce groupe (constante). Pour chaque espèce i dans chaque groupe de relevés j, on calcule la valeur indicatrice (IndValij) de l’espèce i dans le groupe de relevés j de la façon suivante :

Indvalij  = Aij  x Bij x 100

    où   •  Aij = Nindividus ij / Nindividus j
            •  Bij = Nsites ij / Nsites j

Aij représente la moyenne des abondances de l’espèce i au sein des relevés du groupe de relevés j par rapport à tous les groupes = mesure de la spécificité
Bij représente le nombre de relevés occupés par l’espèce i parmi ceux du groupe j = mesure de la constance ou de la fidélité .

> La spécificité est maximale (100 %) quand l’espèce n’occupe qu’un groupe et la fidélité est maximale (100 %) lorsque l’espèce est présente dans tous les relevés d’un groupe.
La valeur indicatrice de l’espèce est maximale (100 %) lorsque la spécificité et la fidélité sont maximales. Comme cet indice peut se calculer pour les différents niveaux d’une procédure de groupement, on peut identifier le niveau dont l’espèce est la plus indicatrice. En effet, au fur et à mesure que les groupes se divisent, la valeur IndVal d’une espèce indicatrice et spécialiste va d’abord croître jusqu’à atteindre une valeur maximale lorsqu’elle tendra à dominer dans un groupe de relevés et à les occuper tous. Si ce groupe de relevés se subdivise à son tour, sa valeur indicatrice va commencer à diminuer. Il est donc possible d’identifier rapidement les espèces qui sont sensibles aux grandes structures d’un jeu de données et celles qui seront beaucoup plus spécialistes, typique de petits groupes de relevés.

> Cette subdivision correspond à un concept répandu en écologie d’espèces généralistes (core species) et d’espèces spécialisées (satellite species). La valeur indicatrice des espèces pour les différents niveaux est de plus contrôlée par une procédure de permutation aléatoire. Cette procédure répartit aléatoirement les données de présence de l’espèce dans les différents groupes et compare pour chaque niveau du groupement, la moyenne de la valeur IndVal obtenue ainsi à la valeur IndVal obtenue pour le groupement de départ. Si cette dernière valeur est significativement plus grande que la moyenne des valeurs obtenues au hasard, l’espèce peut être considérée comme réellement indicatrice du niveau du groupement.

> Ce test est surtout utile pour les espèces qui n’ont pas une fidélité importante. Comme on dispose d’un indice qui mesure à chaque niveau du groupement la manière dont les espèces sont sensibles ou expliquées par ce groupement, il est possible d’utiliser la somme des valeurs indicatrices de toutes les espèces à chaque niveau pour évaluer quand il faut s’arrêter de subdiviser en groupes. On choisira comme seuil le moment ou la grande majorité des espèces montrent une diminution progressive de leur valeur indicatrice, puisqu’il n’y alors plus grand chose comme information pertinente à ce niveau. Enfin, la méthode propose aussi une nouvelle présentation du tableau croisant les espèces et les stations qui tient compte des relations hiérarchiques : des espèces sont indicatrices de niveaux élevés du groupement et d’autres de niveaux inférieurs.

Outils informatiques de calcul disponibles sur le site : https://www.r-project.org/

♦ Équivalent étranger : Indicator species analysis.