♦ Synonyme : Espèce indigène.

♦ Plantes, animaux, champignons et micro-organismes occupant de façon naturelle une zone ou une région donnée pour une période longue et indéterminée.
Se dit d’une plante ayant colonisé le territoire considéré par des moyens naturels, ou bien à la faveur de facteurs anthropiques, mais dont la présence est, dans tous les cas, attestée avant 1 500 ans après Jésus Christ. Les plantes archéonaturalisées, et celles dont l’aire d’indigénat est incertaine et qui étaient déjà largement répandues à la fin du XIX^ème siècle seront, par défaut, considérées comme indigènes : elles seront dites « assimilées indigènes ».

« Une espèce est dite autochtone de France ou d’une de ses entités biogéographiques, si elle est réputée s’être reproduite au début de l’Holocène dans les milieux dulçaquicoles, saumâtres ou terrestres de ce territoire, qu’elle y soit actuellement présente, disparue ou de retour après une disparition » (PASCAL et al., 2003).

> Les plantes indigènes constituent le « fond de la flore » du territoire considéré : elles ont une aire de répartition (distribution géographique) inscrite dans le territoire considéré depuis plus de cinq siècles. Les espèces indigènes peuvent coloniser des milieux naturels, semi-naturels ou secondaires (fabriqués par les êtres humains). Les plantes indigènes peuvent être spontanées.

♦ Équivalent étranger : Indigenous species, native species.