Ecology

"Using the right word, the right idea, the right concept, with the most commonly accepted definition, or even better, with the best accepted and understood definition, can sometimes be a feat...”

Patrick Triplet

> With this quote, we wish to pay tribute to the colosal work of this biologist, and doctor of ecology whose great oeuvre, Dictionnaire encyclopédique de la diversité biologique et de la conservation de la nature (The Encyclopaedic Dictionary of Biological Diversity and Nature Conservation) ─ compiled over the course of more than ten years ─ is the basis of many of the definitions found in this glossary. Indeed, it is by using a language with precise words and clearly defined concepts that everyone and anyone can approach and understand fields of study that may not necessarily be within their own expertise.

This glossary of over 6,000 definitions, written in French with corresponding English translations, is here to help you. It covers the complementary fields of Geography, Ecology, and Economics, without forgetting a small detour into the world of Finance, which of course regulates a large part of our existence.

Travelling from one definition to another, this glossary invites you to explore the rich world of conservation and to understand its mechanisms and challenges.

We wish you all : "Happy reading and a safe journey through our world".

Méthode d’identification des espèces indicatrices

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Term Definition
Méthode d’identification des espèces indicatrices

♦ Méthode est de plus en plus utilisée dans les études phytosociologiques en lieu et place de Twinspan pour la détermination des espèces caractéristiques. Dans les deux méthodes, la qualité de classement des groupements joue un grand rôle dans l’identification des espèces caractéristiques ou indicatrices.

> La méthode d’identification des espèces indicatrices (IndVal) autorise l’introduction de n’importe quelle typologie établie sur la base d’une plus grande diversité de méthodes. En outre, elle a l’avantage de combiner à la fois la fréquence et l’abondance ou le recouvrement pour évaluer le caractère indicateur des espèces. Elle repose sur la même approche : on utilise une classification des relevés pour identifier les espèces qui en sont indicatrices. Elle est simple et assigne en un calcul une valeur indicatrice à chaque espèce par rapport à chaque communauté végétale définie dans une typologie (groupes de relevés identifiés) préalablement obtenue à l’aide de méthodes d’ordination et de classification évoquées plus haut.

> Une espèce est considérée comme indicatrice d’un groupe de relevés donnés si elle lui est fidèle c’est-à-dire typique (= absente ou relativement moins fréquente dans les autres groupes de relevés) et si elle est présente dans tous les relevés de ce groupe (constante). Pour chaque espèce i dans chaque groupe de relevés j, on calcule la valeur indicatrice (IndValij) de l’espèce i dans le groupe de relevés j de la façon suivante :

Indvalij  = Aij  x Bij x 100

    où   •  Aij = Nindividus ij / Nindividus j
            •  Bij = Nsites ij / Nsites j

Aij représente la moyenne des abondances de l’espèce i au sein des relevés du groupe de relevés j par rapport à tous les groupes = mesure de la spécificité
Bij représente le nombre de relevés occupés par l’espèce i parmi ceux du groupe j = mesure de la constance ou de la fidélité .

> La spécificité est maximale (100 %) quand l’espèce n’occupe qu’un groupe et la fidélité est maximale (100 %) lorsque l’espèce est présente dans tous les relevés d’un groupe.
La valeur indicatrice de l’espèce est maximale (100 %) lorsque la spécificité et la fidélité sont maximales. Comme cet indice peut se calculer pour les différents niveaux d’une procédure de groupement, on peut identifier le niveau dont l’espèce est la plus indicatrice. En effet, au fur et à mesure que les groupes se divisent, la valeur IndVal d’une espèce indicatrice et spécialiste va d’abord croître jusqu’à atteindre une valeur maximale lorsqu’elle tendra à dominer dans un groupe de relevés et à les occuper tous. Si ce groupe de relevés se subdivise à son tour, sa valeur indicatrice va commencer à diminuer. Il est donc possible d’identifier rapidement les espèces qui sont sensibles aux grandes structures d’un jeu de données et celles qui seront beaucoup plus spécialistes, typique de petits groupes de relevés.

> Cette subdivision correspond à un concept répandu en écologie d’espèces généralistes (core species) et d’espèces spécialisées (satellite species). La valeur indicatrice des espèces pour les différents niveaux est de plus contrôlée par une procédure de permutation aléatoire. Cette procédure répartit aléatoirement les données de présence de l’espèce dans les différents groupes et compare pour chaque niveau du groupement, la moyenne de la valeur IndVal obtenue ainsi à la valeur IndVal obtenue pour le groupement de départ. Si cette dernière valeur est significativement plus grande que la moyenne des valeurs obtenues au hasard, l’espèce peut être considérée comme réellement indicatrice du niveau du groupement.

> Ce test est surtout utile pour les espèces qui n’ont pas une fidélité importante. Comme on dispose d’un indice qui mesure à chaque niveau du groupement la manière dont les espèces sont sensibles ou expliquées par ce groupement, il est possible d’utiliser la somme des valeurs indicatrices de toutes les espèces à chaque niveau pour évaluer quand il faut s’arrêter de subdiviser en groupes. On choisira comme seuil le moment ou la grande majorité des espèces montrent une diminution progressive de leur valeur indicatrice, puisqu’il n’y alors plus grand chose comme information pertinente à ce niveau. Enfin, la méthode propose aussi une nouvelle présentation du tableau croisant les espèces et les stations qui tient compte des relations hiérarchiques : des espèces sont indicatrices de niveaux élevés du groupement et d’autres de niveaux inférieurs.

Outils informatiques de calcul disponibles sur le site : https://www.r-project.org/

♦ Équivalent étranger : Indicator species analysis.