♦ État d'un habitat dont tous les besoins sont satisfaits (conditions écologiques, fonctionnement...).
La définition d'un état de référence fait donc appel à des critères (parfois appelés attributs) qui sont des caractéristiques de l'entité étudiée, et à des indicateurs qui sont les grandeurs mesurées pour évaluer une situation donnée, au regard de chaque critère retenu.

> Pour un milieu aquatique, état dans lequel il serait dans des conditions naturelles ou proches du naturel, c’est-à-dire non impactées par les activités anthropiques. Cette notion est très différente de celle de biodiversité, puisqu’un milieu peut, par exemple, être naturellement pauvre, ou chargé en matières organiques et en azote, ou pauvre en oxygène. Cette référence est donc obligatoirement rapportée au type de milieu considéré. Sur le profil longitudinal d’un même hydrosystème les références pourront donc être très différentes entre les zones amont (ruisseaux, torrents), médianes (rivières moyennes de plaines ou de collines) et aval (grands cours d’eau). Certaines méthodes de bioindication intègrent la diversité des types écologiques dans leur construction.

Il existe différentes approches pour définir l’état de référence :

• État des habitats à un temps t afin de pouvoir observer l’évolution des habitats, évaluer la dynamique naturelle et les effets de la gestion pratiquée sur le milieu.
• État historique des habitats avant perturbation anthropique. Cependant, on ne possède pas forcément les données historiques décrivant ces habitats. Il est donc difficile d’établir un état de référence comparable à l’état actuel. De plus, si les perturbations ont été importantes, le retour à un état historique est impossible.
• État qui couvre l’ensemble des états possibles en évolution naturelle, sans perturbations anthropiques définis. Ces états sont dits normaux.

♦ Équivalent étranger : Reference status.