Les grands singes d’Afrique sont les réservoirs du VIH et HTLV responsables d’épidémies et de pandémies. Cependant, chez les bonobos, un grand singe endémique de la RDC, peu de données sont disponibles sur les infections rétrovirales. Cette étude vise à caractériser les rétrovirus simiens de bonobos sauvages en RDC, pays où l'épidémie de VIH a commencé.Entre 2010 et 2012, des échantillons de matières fécales de bonobos (P. paniscus) sauvages ont été recueillis sur du RNAlater® dans les différentes forêts de la RDC. La confirmation des espèces a été faite par l’analyse de l’ADN mitochondrial. La recherche des anticorps anti-SIV/VIH a été réalisée en utilisant le test INNO-LIA VIH. L’infection SIV a été confirmée par PCR et séquençage d'un fragment du gène pol (400bp) pour SIV. L'infection STLV a été recherchée en utilisant des amorces spécifiques universelles du gène tax (200pb) ainsi que des LTR (450bp), suivis par les analyses phylogénétiques des séquences obtenues en utilisant la méthode de maximum de vraisemblance. Un total de 633 échantillons de selles a été prélevé et l’analyse de l’ADN mitochondrial a confirmé que tous les échantillons provenaient de bonobos. Huit (1,2 %) des 633 échantillons ont donné une amplification positive du fragment de tax de STLV. Parmi eux, six échantillons ont été identifiés comme STLV-2 et deux comme STLV-3 par l'analyse phylogénétique. Les analyses phylogénétiques de tax de LTR ont montré que le nouveau STLV-2 à partir de bonobos sauvages se regroupe avec les souches STLV-2 décrites précédemment chez les bonobos en captivité. Les STLV-3 identifiés chez les bonobos dans cette étude se regroupaient avec STLV-3 de petits singes vivant dans la même région. Par ailleurs, tous les échantillons fécaux ont été négatifs pour les anticorps croisés SIV/VIH. Notre étude a confirmé pour la première fois l’infection STLV-2 et 3 chez les bonobos sauvages en RDC et a montré que les bonobos, contrairement aux autres grands singes d’Afrique, ne semblent pas être infectés par le SIV, l’ancêtre du VIH.