♦ En biologie et en écologie, l'extinction est la fin d'un organisme ou d'un groupe d'organismes, d'une espèce. Le moment de l'extinction est généralement considéré comme étant daté de la mort du dernier individu d'une espèce, bien que la capacité à se reproduire et à reconquérir ait été perdue bien avant ce point. Déterminer ce moment est difficile et souvent cela n'est fait qu'a posteriori.

> L'extinction peut se produire à différentes échelles spatiales et concerner la disparition complète d'une espèce sur une aire particulière. Les extinctions locales de petites population dans les habitats insulaires sont des événements communs pour une gamme diversifiée de taxa. Dans la plupart des cas, les extinctions locales peuvent être contrebalancées par la recolonisation de l'aire par une population continentale plus importante. L'extinction locale d'une espèce endémique est la même que l'extinction globale puisque la recolonisation est impossible.

> Le taux d'extinction globale correspond à la proportion d'espèces qui disparaît pendant un intervalle de temps donné. Il est principalement lié, dans un contexte naturel, au nombre d'individus. Ainsi, plus le nombre d'individus au sein d'une espèce est faible, plus les risques de disparition de cette dernière sont importants du fait de faibles capacités d'adaptation pour faire face aux changements environnementaux.
Au cours des soixante-cinq derniers millions d'années, le taux d'extinction moyen a tourné autour d'une extinction par an. Aujourd'hui, ce taux serait entre 50 et 560 fois supérieur au taux d'extinction attendu pour une biodiversité stable mais beaucoup affirment que ce taux serait en fait 100 fois plus important et qu'il continue d'augmenter. Tout cela va dans le sens de l'hypothèse d'une sixième crise d'extinction. La Terre a en effet connu plusieurs grandes crises d'extinction dont la dernière est liée à l'apparition d'Homo sapiens sapiens.Cette dernière se distingue des précédentes par le fait que l’humanité en constitue la principale cause en raison de cinq causes regroupées sous l’acronyme HIPPO (en anglais) – destruction d’habitats (Habitat destruction), Espèces exotiques (Invasive species) ; Pollution ; Population ; Surexploitation des ressources (Overharvesting).

> L’expression « Extinction massive » est apparue en 1796 et sa paternité est attribuée au naturaliste français Georges Cuvier. Plus récemment, plusieurs scientifiques ont évoqué une « sixième crise d’extinction » : Paul et Anne Ehrlich dans un ouvrage intitulé Extinction daté de 1981 et Paul S. Martin dans ses publications sur « The overkill hypothesis » en 1984, mais aussi Robert Barbault qui, en 2006, écrivait : « L’horizon est sombre et une sixième crise d’extinction une perspective certaine ». Cette expression vaudra en 2015 à la journaliste Élisabeth Kolbert le prix Pulitzer pour son ouvrage La sixième extinction, comment l’homme détruit la vie. Cette notion désigne l’élimination d’une partie considérable des espèces du monde entier au cours d’un intervalle de temps géologiquement insignifiant selon Anthony Hallam et Paul Wignall. Ces crises qui se déroulent habituellement sur des centaines de milliers voire des millions d’années sont des événements qui génèrent des pertes de biodiversité.

Datation des différentes grandes extinctions

Les cinq grandes crises d’extinction

> La Terre a connu soixante crises d’extinction, dont cinq sont considérées comme massives. Ces crises sont celles qui sont intervenues depuis 600 millions d’années car les traces des précédentes crises sont difficiles à déceler.

• La plus ancienne, lors de l'Ordovicien-Silurien, est survenue il y a environ 445 millions d'années, et est responsable de la disparition de 86 % des espèces existantes, à la suite d’un refroidissement global entrainant l’entrée de la Terre dans une ère glaciaire.
• La deuxième crise d’extinction, celle du Dévonien, qui s’est déroulée il y a 380 à 360 millions d’années, a été générée par une anoxie des océans, un manque en dioxygène.
• La troisième et plus importante, la crise du Permien-Trias, s’est produite il y a environ 250 millions d’années, éradiquant 96 % des espèces, après une série d’éruptions volcaniques ayant dégagé du gaz carbonique au sein de l'atmosphère, provoquant un réchauffement global et une acidification des océans.
• La quatrième crise d’extinction, celle du Trias-Jurassique, a eu lieu il y a environ 200 millions d'années, exterminant les trois quarts des espèces vivantes, marines et terrestres.
• La régénérescence de la biodiversité à la suite de la quatrième crise a permis l’apparition des dinosaures, eux-mêmes disparus lors de la cinquième et dernière crise d’extinction, celle du Crétacé-Tertiaire. Survenue il y a 66 millions d'années, elle aurait été causée par la chute d’un astéroïde sur la péninsule du Yucatan au niveau du golfe du Mexique.

Ces cinq extinctions massives sont toutes intervenues sur un laps de temps assez long, bien que négligeable à l’échelle des temps géologiques.

Évaluation de l'extinction actuelle pour les diffférents groupes d'animaux

> Les origines anthropiques de cette sixième crise d'extinction sont à chercher dans :

•  La destruction ou la dégradation des écosystèmes (déforestation, pollution des sols et des eaux, fragmentation des habitats...) 
• L'exploitation non durable de la biodiversité (chasse, braconnage, pêche, cueillette...) 
• Les invasions d'espèces allochtones (tels que certaines algues ou espèces cultivées envahissantes...) 
• Le réchauffement climatique qui perturbe les cycles biogéochimiques.

> L’effondrement du nombre d’individus résulte d’une multitude de causes qui se combinent entre elles et impactent la biodiversité. Si elles font consensus au sein du monde scientifique, tous les chercheurs ne les citent pourtant pas dans le même ordre : ils sont néanmoins d’accord sur le fait que le changement climatique ne doit pas occulter les autres causes. Celles-ci font d’ailleurs l’objet actuellement d’une évaluation par l’IPBES.
Ces principales causes sont :

• La destruction et l’artificialisation des habitats et des milieux naturels 
• La pollution sous toutes ses formes (pesticides et effondrement des insectes ; lumineuse ; sonore agricole et maritime ; marine aux hydrocarbures) 
• La surexploitation des ressources naturelles et la surpêche, lorsque le seuil de reproduction ou de renouvellement n’est pas respecté 
• La dissémination d’espèces invasives, volontaire ou involontaire, particulièrement importante au sein des écosystèmes maritimes et dans les écosystèmes insulaires. En raison du défaut de présence de leurs prédateurs et de leurs parasites, ces espèces se multiplient bouleversant l’équilibre de l’écosystème 
• Le réchauffement climatique
• La croissance démographique, elle-même liée à plusieurs autres facteurs.

> À des échelles de temps courtes, l’Union internationale pour la conservation de la nature (UICN) a choisi l’année 1500 comme date arbitraire à partir de laquelle on peut considérer les extinctions d’espèces comme « récentes ». À ce jour, l’UICN recense ainsi 108 espèces de mammifères, 141 espèces et 138 sous-espèces d’oiseaux éteintes depuis 1500, et ce, à travers tout le globe. Szabo et al. (2012) ont dressé un inventaire et une cartographie des lieux d’extinction des oiseaux depuis 1500. L’immense majorité des extinctions concerne les milieux insulaires, les littoraux et la bande intertropicale. Toutes les extinctions sont attribuables à l’Humain, hormis celle de la sous-espèce de Troglodyte des rochers Salpinctes obsoletus exsul, disparue à la suite d’une éruption volcanique sur l’île de Revillagigedo au Mexique (Brattstrom, 1990). Les causes principales d’extinction sont, par ordre décroissant : l’introduction d’espèces exotiques (58,2 % des espèces ; 50,7 % des sous-espèces), la chasse (52,4 % ; 18,8 %) et l’agriculture (14,9 % ; 31,9 %). Ceballos et al. (2015) estiment ainsi un taux d’extinction au cours des cent dernières années 100 fois plus important que le taux d’extinction moyen des espèces concernant les vertébrés.

> Les impacts de l’extinction de la mégafaune du Pléistocène sur les écosystèmes sont assez difficiles à évaluer. La plupart des études s’appuient sur les impacts d’équivalents contemporains pour inférer le rôle fonctionnel des espèces éteintes. Dans une revue portant sur les impacts potentiels de l’extinction de la mégafaune tropicale, Corlett (2013) liste six impacts potentiels :

1. la coextinction de parasites ;
2. la coextinction des espèces commensales et mutualistes ;
3. des changements d’abondance des compétiteurs (augmentation des petits herbivores à la suite de l’extinction des grands, mais ceci est mal documenté, sauf à Madagascar, où les espèces de moins de 10 kg semblent avoir beaucoup augmenté après les extinctions de la fin de l’Holocène (Crowley, 2010) ; l’augmentation des mésoprédateurs après l’extinction des superprédateurs (voir Sutherland et al., 2011 ; Ritchie et al., 2012), mais ceci est encore mal documenté d’un point de vue paléontologique ;
4. des impacts sur les relations proies-prédateurs et les charognards : les équivalents du Pléistocène, comme les Loups gris (Hofreiter et Barnes, 2010) ou les Coyotes (Meachen et Samuels, 2012), sont souvent plus grands que les espèces contemporaines du fait de proies et de compétiteurs plus grands ;
5. des impacts sur la végétation avec le maintien d’une mosaïque d’habitats comme on l’observe aujourd’hui par le pâturage des Éléphants d’Afrique;
6.  des impacts sur le méthane, même si cela est probablement insuffisant pour expliquer des changements climatiques (Shakun et al., 2012).

♦ Équivalent étranger : Extinction.